La squadra N.C.I.S. cattura Brian Dempsey, fratello di James noto trafficate di droga. Durante il trasferimento tra il garage del Quartier Generale e la sala interrogatori, mentre è sotto la custodia di Ziva, l'uomo muore senza cause apparenti. Sebbene Ziva si dichiari innocente, tutti sanno bene che, in qualità di agente del Mossad, conosce numerose tecniche per uccidere un uomo a mani nude e senza lasciare alcuna traccia.. Mentre Ducky e Abby sono impegnati a scagionarla dalle accuse di omicidio, il caso si complica perché il fratello della vittima, ignaro della sua morte, rapisce il direttore Jenny Shepard.