Un omicidio riporta Gibbs a un lontano passato. La vittima, infatti, viveva usando un'identità di copertura che Gibbs aveva utilizzato per alcune indagini 20 anni prima. Jethro decide di chiedere aiuto all'ex Direttore Tom Morrow (la guest star Alan Dale, "C'era una volta", "Lost", "Dominion", Captain America: The Winter Soldier"). La puntata si apre su un uomo alla guida della sua auto. Si trova in un'area periferica con molti magazzini. Lo sconosciuto si chiede se non abbia sbagliato strada, poi, improvvisamente due proiettili sfondano il parabrezza uccidendolo. La polizia lo identifica come Leland Speers. Sul suo documento c'era un avviso: mettersi subito in contatto con l'N.I.S. (il vecchio acromino dell'N.C.I.S. prima del 1992) nel caso gli fosse accaduto qualcosa. Ebbene qualcosa è accaduto. Gibbs e McGee si mettono subito in viaggio per raggiungere la scena del crimine. Gibbs sembra conoscere bene la vittima. O, precisamente, l'identità usata dalla vittima: si tratta di una copertura che lui stesso utilizzava anni prima. Il caso si fa ulteriormente intrigante quando sulla macchina di Speers vengono individuate apparecchiature solitamente utilizzate dagli agenti delle agenzie governative. Duckie, intoltre, fa una verifica con le impronte digitali del cadavere ma non trova alcuna corrispondenza. Chi hanno di fronte?