Nella stanza di un piccolo motel viene rinvenuto il cadavere di un ufficiale della Marina e il team di Gibbs è chiamato ad indagare sul caso. Gli agenti scoprono che l'ufficiale è morto già da tre giorni e che le squadre di polizia del posto hanno investigato sul crimine senza venirne a capo. Gibbs è convinto che il delitto sia collegato ai loschi affari di una cellula terroristica e inizia a cercare Masoud, un profugo iracheno che risulta irreperibile.