Il sergente dei Marines Bayle, impegnato in una missione sotto copertura, viene trovato morto nella sua auto, ucciso da un colpo di pistola, e su uno dei sedili c'è la scritta NCIS fatta con il suo sangue. Gli agenti di Gibbs iniziano ad indagare e si convincono che l'assassino sia la spia russa Nikolai Puchenko. Il proiettile trovato nel corpo della vittima, infatti, è stato sparato dall'arma trovata nel bagliaio dell'auto di Puchenko, ma il caso è ancora più intricato: sebbene non ci siano indizi che riescano a identificare il movente dell'omicidio, si scopre che la vittima in passato faceva parte di un gruppo che ricercava pericolosi criminali. A dar man forte alla squadra c'è anche Mike Franks, predecessore di Gibbs, che nel '91 era a capo del gruppo di Bayle.