La squadra indaga sull'omicidio del sottoufficiale Daniel Harvey. L'uomo è stato ucciso in macchina mentre, a quanto sembra, stava facendo salire una prostituta. In realtà, dalle immagini mostrate in apertura di puntata, sappiamo che Daniel non era un cliente. Tra i due c'era qualcosa di più. La donna lo conosceva e si aspettava che lui proteggesse lei e la sua famiglia. Purtroppo entrambi sono finiti con una pallottola nella testa. La prostituta viene identificata come Lolita Cortez, colombiana. Le indagini rivelano subito qualcosa di strano: non si riesce a trovare alcun file che riguardi Daniel Harvey. Come è possibile? Si scopre che la macchina era in dotazione a un agente dell'Intelligence, Lex Talionis. Ben presto Gibbs capisce che tutto è collegato a un vecchio caso, irrisolto, l'attentato al Metropolitan International Airport del 1979. Due anni fa degli agenti dell'N.C.I.S. avevano trovato una bomba con del DNA che corrispondeva a quello rinvenuto nel 1979. Gibbs era stato a messo a capo delle indagini considerata la sua esperienza in Colombia. Il sospettato, infatti, è un signore della droga, Tomas Orlando, e da mesi si sta cercando di ottenere un campione di DNA per poterlo incastrare.