Il quartier generale dell'NCIS deve essere evacuato dopo la scoperta di un cadavere sul tetto e di una bomba. La squadra ha solo trenta minuti per indagare, prima di lasciare l'edificio. Il corpo ritrovato, risulta essere di un finto tecnico di una finta ditta, la HVAC service, che, però, era in possesso dell'autorizzazione ad accedere. La situazione si complica ulteriormente quando si scopre che nell'edificio ci sono ancora i complici dell'intruso...