Per anni i Federali sono stati alle calcagna di Michael Deegan (Ian Duncan), spietato spacciatore, e, ora, finalmente, sembrano avere l'occasione giusta per incastrarlo. Tommy "Peaches" Mulligan (Luke Edwards), un sicario, è stato, infatti, assoldato da Deegan per eliminare il luogotenente Ross Johnson (Johnny Wactor). La squadra avvicina Mulligan e gli propone un accordo: libertà in cambio di Deegan. Il killer accetta di indossare un microfono e provare a incastrare il criminale, ma Deegan si dimostra particolarmente furbo e riesce a evitare di cadere in trappola. Tanto furbo che i nostri sospettano Peaches l'abbia in qualche modo avvertito. La squadra decide, così, di mettere Johnson (che non ha la minima idea del perché qualcuno lo voglia morto) immediatamente sotto protezione. Intanto si presenta alla sede dell'NCIS una vecchia conoscenza di Gibbs, un anziano signore di nome John Sidney, che riporta in superficie dolorosi ricordi...