Gibbs l'ha scampata. Ma sa che non sarà eterno. Così spinge DiNozzo a essere più indipendente, ma Tony lo recepisce come una punizione. Nel frattempo, l'agente speciale della DEA di San Diego Luis Mitchell (John Gabriel) chiede aiuto alla squadra. Mitch, una vecchia conoscenza di Gibbs, sta indagando su un cartello della droga guidato da Benson Long (Robert Knepper) che opera sulla West Coast. Mitch aveva infiltrato Cole Gleason, un marine, che, ora, è scomparso. Sfortunatamente il giovane viene trovato morto in una scuola abbandonata utilizzata, di recente, per uno scatenato rave. Tony non ci mette molto a scoprire che Luis Mitchell è il figlio di Kurt Mitchell, l'agente morto cercando di proteggere la famiglia di Gibbs. E', ovvio, quindi, che il caso tocchi fin troppo da vicino il suo capo. E non è finita qui. Perché Benson Long, il boss che Mitch ha cercato di incastrare nel corso degli ultimi due anni, altri non è che colui che ha causato la morte della moglie e della figlia di Gibbs, nonché di Kurt.