Facciamo la conoscenza con il dottor Miles Wolf (Steve Valentine), il consulente che dovrà valutare lo stato psicologico dei membri della squadra. Wolf farà una valutazione dopo un incontro con ciascun agente. Gibbs gli suggerisce di iniziare con Abby (Pauley Perrette), tormentata da orribili incubi (la puntata si apre proprio su uno di questi). In lista c'è anche Leon Vance (Rocky Carroll), che si sente responsabile per aver portato la bomba alla sede. Tony (Michael Weatherly), al contrario, sembra cavarsela meglio, ed è tornato alla sua attività preferita: flirtare. La fortunata di turno è Judy (Jessica Collins), la facility manager incaricata di supervisionare la ristrutturazione della sede. Mentre sta parlando con Wolf, Gibbs riceve una chiamata. E' stata ritrovata la macchina di Margaret Watkins (Andrea C. Robinson), per tutti "Midge", capitano in pensione della Marina che lavorava per l'N.C.I.S. e di cui nessuno aveva più avuto notizie dal giorno dell'attentato. La sua macchina è stata rinvenuta in un lago. Sembrerebbe solo un incidente, fino a quando non viene notata una ferita allo stomaco. Midge si è beccata una pallottola. Ducky (David McCallum) si presenta sul luogo del ritrovamento, ma Gibbs lo rispedisca a casa. Non ha ancora avuto il via libera del medico per tornare al lavoro...