Al via la nona stagione della seguitissima serie incentrata sulla squadra investigativa di agenti speciali, con sede al “Washington Navy Yard” di Washington, che si occupa dei reati più gravi che vedono coinvolti membri o persone legate alla marina degli Stati Uniti o al corpo dei Marines. L'episodio si apre su Gibbs, all'ospedale. Lo raggiunge la dottoressa Rachel Cranston. Qualcuno si è preso una pallottola in pieno petto. Gibbs apre la porta e scopriamo che si tratta di Tony. Ma niente paura, l'agente è vivo e vegeto. Anzi ci scherza su. La pallottola ha colpito il suo giubbotto antiproiettile. Per lui solo qualche contusione. Ma Tony ha, a sua volta, sparato. Due colpi. Molto sangue e nessun corpo. La Cranston gli chiede a chi abbia mirato. E' stato ritrovato un badge, con macchie di sangue, di un agente del N.C.I.S.. "Hai sparato a uno dei nostri?" insiste la Cranston. Ma Tony sostiene di non ricordare. Ha ricevuto degli ordini. Da un superiore. Ma quel superiore non era Gibbs. Ed ecco un flascback. Tony incontra su un campo dal golf il Segretario della Marina Clayton Jarvis. L'uomo assegna a DiNozzo il compito di investigare sulla morte di un capitano della Marina trovato con un'incisione sul braccio...