Primo episodio senza Gibbs. Parker (Gary Cole) rifiuta l'offerta di Vance di prendere il posto di Jethro ma accetta di unirsi temporaneamente alla squadra in attesa che si trovi un nuovo leader. Torres (Wilmer Valderrama) non prende bene la notizia che Vance si sia rivolto proprio a Parker ma, in seguito, scopre che il ruolo era stato inizialmente offerto a McGee (Sean Murray). Timothy ha però declinato conscio che le responsabilità avrebbero potuto avere la meglio su di lui, allontanandolo dalla famiglia, proprio come è successo al suo caro amico. Con una formazione dunque "provvisoria", la squadra si occupa di un nuovo caso. Un soldato è stato ucciso in quello che a prima vista appare un attentato terroristico ai danni dell’esercito americano. Le cose, però, si riveleranno molto diverse...