Durante un'esercitazione in mare della Guardia Costiera con l’NCIS, Gibbs e l’agente Borin recuperano dall'acqua un uomo morto. Il corpo è di un membro dell'equipaggio di una nave che si trova a 60 miglia nautiche di distanza. Al momento di salire a bordo di questa per un interrogatorio, Gibbs scopre di essere su un'imbarcazione sotto il controllo dei pirati. L’episodio si apre con Ellie Bishop che si introduce furtivamente su una nave della Marina con la pistola spianata. Una volta dentro ordina al sospettato di mettere le mani in alto. Lui non lo fa e lei viene spinta da dietro. Poi Gibbs toglie la maschera e comunica che Ellie è morta. Più tardi, Ellie è depressa perché ha fallito l'esercitazione. L’agente della Guardia Costiera Abigail Borin è a bordo e chiede a Tony notizie di Lead Pendergast, una sua amica. Lui dice che è stato un flirt, ma non ha funzionato. Tony dice a Ellie che il test è andato bene, ma che, la prossima volta, deve preoccuparsi di meno e seguire di più i sui suoi istinti. Sul ponte, Gibbs è con lo sguardo fisso sull’acqua quando Borin lo raggiunge. Entrambi gridano "uomo in mare!" La vittima viene trascinata in coperta. Si tratta di un civile di nome Joe Willis, faceva parte dell'equipaggio della San Dominick. Gibbs chiede a Ellie che cosa capisce guardando il corpo: non è stato a lungo in acqua lungo e il taglio che ha sulla testa è il segno di una colluttazione. Dal centro di comando della nave, Borin riferisce che la San Dominick non risponde alla radio e che è di parecchio fuori rotta. Gibbs ordina a Ellie tornare all’NCIS mentre la nave si dirige verso la San Dominick.