A seguito dell’omicidio di un volontario di "First Day Program", un centro di accoglienza per ex detenuti appena usciti di prigione, Gibbs e la sua squadra si trovano a indagare su un traffico di cosiddette "armi fantasma", ovvero armi costruite da privati e vendute a pezzi, gestito da una pericolosa banda di quartiere. Nel frattempo, su suggerimento di Sloane, Gibbs parla con Jimmy (Brian Dietzen), eccessivamente iperattivo in ufficio, ma ancora sopraffatto dalla perdita della moglie Breena...