Il team sta dando la caccia a un noto hacker che potrebbe essere la chiave per mettere dietro le sbarre un pericoloso cyber terrorista.... Vediamo la storia nel dettaglio: dopo che la squadra è riuscita a catturare Ajay Khan, il secondo cyber-terrorista più forte al mondo, lo interrogano nella speranza di incastrare M.C., il suo boss e numero uno tra i cyber. Dopo averlo interrogato con poco successo, Gibbs mette a punto un piano per intimidire Khan con un viaggio aereo a Guantanamo Bay, dove gli ex datori di lavori dI Khan sono detenuti, dopo che egli li aveva ingannati con un doppio gioco. Nel frattempo, Abby e Gibbs cercano informazioni dal computer di Khan per localizzare un fabbricatore di bombe ucciso dal virus Ebola e capiscono che era parte di un imminente attacco biologico orchestrato da M.C. Le analisi di Abby rivelano che il ceppo di Ebola era stato effettivamente sviluppato come vaccino dal CDC; Khan ha violato il CDC e spedito i vaccini difettosi come vaccini anti-influenzale. Dopo aver seguito la spedizione per impedire che il virus venisse rilasciato, mettono in scena una violazione della sicurezza di quella che Khan crede sia Guantanamo e la gli fanno percepire la minaccia di poter essere ucciso dai vendicatori, suoi ex datori di lavoro. Il piano funziona: la paura lo incita a confessare riguardo l'indirizzo IP di M.C.