Tony e Ziva si recano a Berlino, convinti che Bodnar stia usando i contatti locali per commutare i contanti in diamanti per poi sparire. La nuova direttrice del Mossad, Orli Elbaz (Marina Sirtis), arriva all'N.C.I.S. proponendo di unire le forze per catturare Bodnar, ma Gibbs scopre presto che non ha detto tutta la verità. Tony e Ziva riescono a catturare il fratello di Bodnar ma una volta tornati negli Stati Uniti sono coinvolti in un terribile incidente d'auto... La punata si apre su un operativo israeliano che, in un'auto parcheggiata in un garage, sta aspettando qualcuno. Un SUV si avvicina. L'agente è sorpreso nel vedere chi sia al volante. Poi il guidatore del SUV gli spara... Alla sede dell'N.C.I.S., Gibbs informa Tony e Ziva, sulle tracce di Ilan Bodnar, l'uomo sospettato di aver ucciso il padre di Ziva, che non andranno a Roma. C'è stato un cambio di programma. Partiranno per Berlino. Negli uffici fa il suo ingresso, con disappunto di Ziva, Orli Elbaz (Marina Sirtis), la donna ora in capo del Mossad. Orli si trova lì per incontrare Vance. E' stato freddato un suo uomo, Amir Mantel, a quanto pare stava seguendo una pista collegata proprio a Bodnar...