La squadra di Gibbs è alle prese con un presunto massacro: in un motel vicino alla base di Little Creek ci sono tracce che indicano la morte di almeno tre persone. Sul luogo viene rinvenuta una valigetta che sembra contenere droga e viene inviata al laboratorio per le analisi. Mentre Abby e Mc Gee la stanno analizzando, la sostanza libera nell'aria acido cianidrico e i due scampano per miracolo alla morte per avvelenamento da cianuro. Gibbs e i suoi si rendono conto che qualcuno ha cercato di uccidere la collega e devono scoprire, prima che sia troppo tardi, chi odia Abby a tal punto da volerne la morte.