Il furto di un aereo-drone è collegato all'inafferrabile terrorista Benham Parsa (Karan Oberoi) e l'N.C.I.S. lavora al fianco del Dipartimento della Difesa, insieme all'ex di Gibbs, Hollis Mann (Susanna Thompson), per recuperare l'oggetto prima che venga utilizzato per un attacco su larga scala. La puntata si apre su una donna che, in un parco, aspetta qualcuno. Quando arriva un uomo lei è visibilmente sollevata, ma lo mette subito in guardia: devono andarsene di lì al più presto. I due sentono un rumore, sembra un elicottero. Ma, quando si girano, un proiettile centra in pieno Danny. L'uomo muore. La donna scappa... Alla sede dell'N.C.I.S. viene subito comunicata la notizia della morte di un Marine a Rock Creek Park. La vittima è identificata come Daniel Coyne. Causa della morte un colpo di arma da fuoco sparato, con ogni probabilità, da un cecchino. La traiettoria presenta un angolo acuto, è ravvicinata e dall'alto. Ellie scopre che Coyne lavorava sui droni a Pax River. Tony inizia a fantasticare su scenari alla Terminator, citando SkyNet. Forse questa volta la fantasia non è tanto lontana dalla realtà...