Il torso di un uomo viene rinvenuto nello stomaco di uno squalo tigre; ma quello che sembrava essere un terribile incidente, cambia aspetto quando Horatio (David Caruso) e Megan (Kim Delaney) scoprono la presenza di una pallottola nei poveri resti della vittima dello squalo. Le indagini portano la squadra di C.S.I. a scoprire il collegamento con Luna Nueva, una nave abbandonata, su cui viene rinvenuto un secondo cadavere, quello di un profugo cubano...