Mancano tre giorni a Natale, e in una fogna nei pressi di un centro commericiale viene trovato il cadavere di un uomo vestito da Santa Clause. Brennan e Booth iniziano a indagare. Le prime rilevazioni fatte dalla squadra di Bones sono a dir poco sorprendenti. Il vestito che l'uomo indossava non era il classico rozzo costume da negozio, ma è realizzato in vero ermellino. Così come la pipa di argilla. La ricostruzione facciale di Angela è quanto di più bizzarro: il volto che ne esce è proprio quello di Santa! Così mentre Zack continua imperterrito a considerare stupidaggini certe leggende, il resto dello staff ammicca: e se fosse il vero Babbo Natale? Nel frattempo, Bones è andata a far visita in carcere a Max per metterlo al corrente che durante le vacanze di Natale sarà in Perù per analizzare i resti di uno scheletro di 1500 anni. Max ci rimane male, desiderava passare il Natale con la famiglia. Brennan, allora, va a trovare anche Russ, anch'egli in carcere, e gli suggerisce di passare qualche ora insieme a Max, Amy e i ragazzi nella stanza del carcere riservata alle visite dei familiari. Ma Russ le dice che è impossibile: Amy crede che lui sia all'estero a lavorare. Intanto anche Booth ha i suoi dispiaceri familiari. Questo Natale, infatti, non potrà vedere il figlio Parker che è in procinto di partire per il Vermont insieme alla madre Rebecca e al suo nuovo fidanzato.