Temperance e il suo staff sono sulle tracce di un serial killer, chiamato "Il becchino", che rapisce le sue vittime e le tumula vive; solo dopo il pagamento di un riscatto, l'omicida rivela l'esatta ubicazione della sepoltura. Il Jeffersonian sta seguendo le vicende di questo killer a causa del ritrovamento di 2 cadaveri sotterrati in una cisterna, appartenenti a 2 giovani ragazzi rapiti 5 anni fa e la cui famiglia non ha pagato il riscatto. Ma mentre Jack, dopo aver esaminato i reperti, scopre un tassello fondamentale per la ricerca dell'omicida, corre per dirlo alla dottoressa ma il becchino sta per colpire ancora. La Brennan e Hodgins infatti sono le sue nuove vittime; ma grazie al loro genio, benché si trovino sepolte dentro una macchina sotto un cumulo di terra, riescono ad inviare un messaggio che permette in extremis la loro liberazione, quando ormai tutto sembrava perduto. Sono salvi, ma l'assassino è ancora in circolazione.