La dottoressa Bryar, dell'Amministrazione Nazionale Oceani e Atmosfera, ritrova nello stomaco di uno squalo spiaggiato lungo la costa, la parte di una gamba. Nessuno però, ha riportato l’attacco di uno squalo ad un uomo. Bones e la sua squadra di scienziati comincia ad analizzare i resti per cercare di identificare la vittima e scopre che, in realtà, la vittima non era stata sbranata in mare, bensì all’Acquario. Booth e Bones iniziano ad indagare su un possibile omicidio. La vittima è Jazz Gunn, un guru dell’auto-sostegno che sembra essere stato miracolato nei mari del Brasile, dopo una paralisi. Nel frattempo, la Brennan esce con il capo di Booth, per scoprire che dopo tutto sono compatibili e insieme si divertono, mentre Booth esce con la dottoressa Bryar per scoprire a sua volta, che anche loro stanno molto bene insieme...