Booth e Brennan arrivano sulla scena del crimine. Uno scheletro è stato ritrovato, disposto in un circolo. Caroline Julian li raggiunge e sgancia una notizia bomba: Brennan è sospesa da ogni attività relativa alle indagini. Il motivo è semplice. Sta per iniziare il processo a suo padre e l'agente che ha effettuato l'arresto dell'uomo è proprio il partner di Brennan. Temperance sa che Booth avrà molte difficoltà a risolvere il caso senza di lei. Più tardi i due si incontrano con il dottor Sweets per parlargli della difficile situazione in cui si trovano. Sweets rimprovera Temperance di non avergli parlato del padre, considerato il fatto che è stato proprio lui a realizzare il profilo di Max. Si rende però conto di quanto possa essere stressante per Brennan avere a che fare con persone che lavorano per condannare suo padre. Brennan afferma di non essere affato turbata. Ma Sweets sa che non è così fredda come vuol far apparire. In seguito Temperance si incontra con suo fratello, suo padre, il suo avvocato David Barron e Clark Edison, l'esperto forense assegnato al caso. Max non pare pienamente convinto delle capacità di Clark e chiede a Temperance se non possa essere Zack a seguirlo. Temperance gli rivela che Zack lavorerà per l'accusa, ma, in ogni caso, afferma che Clark è l'ultimo antropologo che vorrebbe avere contro in un processo. Poi, al laboratorio, hanno inizio le prime rilevazioni sul corpo di Kirby, l'uomo ucciso da Max. Angela si mostra subito insofferente alla situazione venutasi a creare. La squadra è divisa e la donna teme che potrebbero nascere contrasti difficilmente sanabili...