Bones riceve la richiesta di aiuto del suo amico Ken Nakamura, un detective di Tokyo, la cui sorella, Sachi, e' misteriosamente scomparsa a Washington. Durante le indagini, Booth e Brennan rinvengono la testa decapitata della donna. I due investigatori cercano quindi di ricostruire le ultima ore di vita della vittima nel tentativo di rintracciarne l'assassino...