La scatola del tempo di un liceo, sepolta nel 1987, viene aperta. E all'interno c'è una macabra sorpresa: la scatola contiene i resti liquefatti di un ragazzo. Solo lo scheletro è intatto. Viene subito convocato Gil Bates, all'epoca studente, che conferma a Brennan e Booth di aver sigillato personalmente la scatola. Ovviamente l'uomo sostiene di non aver avuto la minima idea di cosa ci fosse dentro. Al laboratorio vengono subito esaminati i resti. Il corpo presenta numerose fratture, alcune vicino alla data del decesso, altre databili a un'età prescolare. Angela riesce a ricostruire il volto della vittima e Hodgins, che si è fatto mandare dalla scuola il video fatto all'epoca della chiusura della capsula, lo identifica con Roger Dillon. Booth e Brennan cercano immediatamente di contattare il padre del ragazzo, Daniel Dillon. L'uomo dichiara che sua moglie gli aveva detto che il ragazzo era fuggito. Daniel all'epoca era un alcoolizzato e beveva parecchio, per poi sfogarsi sul bambino. Quindi il fatto di non aver avuto sue notizie per lungo tempo non gli è sembrato così strano. L'ultima volta che si erano visti Roger gli aveva chiesto un bel po' di soldi. Quindi consiglia ai due agenti di rivolgersi a Gil, all'epoca il miglior amico di Roger...