Booth arriva sulla scena del ritrovamento di un cadavere. Questa volta ad accompagnarlo c'è Cam e non Temperance. I due si trovano di fronte un corpo nudo al quale sono state asportate (chirurgicamente come scoprirà in seguito il team del Jeffersonian) le ginocchia. Quella stessa sera Temperance, a casa, riceve la visita di Amy Hollister, la ragazza di suo fratello Russ. Ad Haley, la figlia minore di Amy, è stata purtroppo diagnosticata la fibrosi cistica. Amy vorrebbe trovare Russ, al quale Haley è ovviamente molto legata. Ma Temperance non ha purtroppo idea di dove si trovi il fratello. Brennan, però, mette in contatto Amy con un suo amico, un luminare nel campo della ricerca sulla fibrosi cistica. Poi l'antropologa si vede costretta a congedare Amy in fretta e furia. Temperance, infatti, ha notato che da un pacco nella pila della posta che non ha ancora aperto sta uscendo del sangue. Una volta sola Bones apre il pacco e all'interno trova le rotule che mancavano al cadavere. Il pacco è stato inviato dall'area di Washington. Al Jeffersonian, intanto, le prime rilevazioni portano Zack a ipotizzare una pista massonica. Il dottor Sweet si unisce alle indagini.