Mentre Brennan sta flirtando on line con un uomo su un sito di appuntamenti, Goodman la interrompe informandola dell'arrivo di una nuova "consegna". Zack mostra a Temperance alcuni resti ritrovati nei pressi di Chesapeake Bay. Zack suppone che il corpo sia rimasto in mare per parecchio tempo, trattenuto da alcune alghe. Fori di proiettile sullo sterno, il cranio, le braccia e un paio di "scarpe di cemento" ai piedi fanno pensare a un'esecuzione. Goodman informa la squadra che l'F.B.I. suppone si tratti di James Cugini, un boss della mala scomparso nel nulla sei anni prima dopo essere uscito dal saggio di danza della figlia. Mentre Zack inizia a pulire il cadavere per poi passarlo ai raggi x, arriva Booth insieme all'agente speciale Jamie Kenton, che ha seguito il caso Cugini fin dall'inizio. Booth informa la squadra di un secondo ritrovamento...