Durante un'irruzione dell'N.C.I.S. all'interno di un laboratorio clandestino dove si cucina metanfetamina, avviene un'esplosione. Presto si scopre che non si è trattato di un incidente, bensì di un attentato, e i sospetti ricadono su un amico d’infanzia di Kai, divenuto un boss della malavita. Nel frattempo, Tracy Meadows, l’addetta agli svaghi sulla portaerei dove Lucy è agente di bordo, viene trovata ferita in un corridoio della nave.