Prosege la storia crossover iniziata con la decima puntata della ventesima stagione di "N.C.I.S.". Jane, Jimmy e Sam sono stati rapiti da Melina Devlin, un’agente della CIA che sta dirigendo un’indagine segreta su Simon Williams e vuole ottenere informazioni da loro. Parker (Gary Cole) arriva alle Hawaii e prende in mano le indagini. Grazie ai fascicoli dell’FBI, identificano un noto collaboratore di Williams, Mel Cano, che poco dopo, troveranno morto. Intanto Morgan Miller, una contractor corrotta della CIA, si infiltra nella squadra facendosi passare per Melina Devlin...