L'episodio riprende dallo scioccante finale della puntata precedente. Eli, il padre di Ziva, è stato ucciso. Nella sparatoria è rimasta vittima anche Jackie, la moglie di Vance. Gibbs e Ziva hanno inseguito il killer, ma l'uomo si è tolto la vita prima che loro potessero estorcergli informazioni. Il Segretario della Marina Jarvis (Matt Craven) ottiene dal Segretario di Stato 48 ore di tempo per scoprire chi fosse il mandante del sicario. Allo scadere gli Stati Uniti saranno costretti a informare Israele dell'accaduto. Jarvis è furioso, nessuno ha ritenuto opportuno metterlo al corrente della presenza di Eli David su suolo americano. Duckie, intanto, ha eseguito l'autopsia sul killer. L'uomo si è ucciso con il cianuro. Era comunque affetto da un cancro al fegato in stadio terminale. Non avrebbe vissuto oltre i sei mesi. Vance arriva in ufficio e vi trova Jerome Craig (Greg Germann). Jarvis consentirà a Vance di essere informato, ma non di partecipare alle indagini. E' troppo coinvolto. Craig assicura a Gibbs che è lì solo per aiutare, non è interessato ad avere il posto di Vance. Intanto McGee riesce a identificare il sicario, si tratta di Roland Ames, un mercenario. Gibbs ordina ai suoi di rintracciare Arash Kazmi (Nasser Faris), iraniano, vecchia conoscenza di Eli. I nostri lo trovano a Georgetown...