La Guardia Costiera avvicina una nave in avaria. Una volta a bordo, gli agenti si rendono conto che si tratta di un natante usato per il contrabbando. Mentre avviano un'ispezione per scoprire cosa trasporti c'è uno sparo e uno degli uomini viene colpito. La scena si sposta al quartier generale dell'N.C.I.S.. E' lunedì. Tutti si lamentano di Gibbs, che non ha mancato di chiamarli anche durante il weekend. Tony è certo che il loro capo abbia bisogno di una donna. Il discorso viene interrotto dall'ufficiale Borin (Diane Neal) che annuncia il caso del giorno: un membro della guardia costiera è stato ucciso mentre controllava una nave. Il primo pensiero di Tony è di "accoppiare" Gibbs alla Borin... Arrivati alla nave, ora rimorchiata a Norfolk, uno degli agenti della Guardia Costiera relaziona i nostri su quanto accaduto. Mentre si trovano a bordo, Duckie sente un ticchettio ripetuto. Si tratta di un S.o.S. mandato in codice Morse. Proviene da sotto. Seguendo il ticchettio, la squadra trova, nascosta, una famiglia. L'uomo dice che provengono dal Libano. E chiede asilo politico...