Un detective del Dipartimento della Difesa passa sotto esame le azioni del team durante la crisi che ha portato alla morte di Eli David e della moglie del Direttore. La puntata si apre su un parco di Quantico. Un marinaio insegue un uomo e, una volta raggiunto, lo placca. Un gruppo di soldati che si stava allenando nelle vicinanze li divide. Qualcuno, attraverso attrezzature di sorveglianza, osserva la scena ma decide di non intervenire. Alla sede dll'N.C.I.S., intanto, mentre Ziva mostra la sua nuova auto sportiva e Tony si rammarica perché la donna non gli ha venduto la sua vecchia mini, Gibbs arriva per presentare il nuovo caso. Evan Lowry, cuoco di bordo su una nave della Marina, ha aggredito un uomo in un parco di Quantico. Lowry sostiene di essere seguito, che qualcuno ha spiato tra le sue email ed è addirittura entrato in casa sua. Il giovane teme che vogliano infettarlo con qualcosa per poi infettare tutto il resto dell'equipaggio. McGee e Gibbs sono decisamente scettici a riguardo, ma, poi, Gibbs nota un segnalatore GPS sulla macchina di Lowry. Qualcuno lo sta effettivamente seguendo. Ma chi? E perché? Nel frattempo, Richard Parsons (Colin Hanks), un ispettore, si incontra con Vance per iniziare l'inchiesta sugli eventi che hanno portato alla morte di Bodnar...