Il capitano Landis viene ucciso all'interno della sua casa. Le indagini porteranno Gibbs e Bishop in Afghanistan. L'omicidio, infatti, sembra in qualche modo essere collegato con un gruppo terroristico che tiene in ostaggio un Marine. La puntata si apre su Joseph Wilkes, che si reca a casa del suo Capitano e lo trova, privo di vita, disteso sul pavimento. Wilkes non ha tempo di chiedersi che cosa possa essere accaduto: qualcuno, il volto coperto, lo aggredisce con una mazza da baseball. Wilkes cerca di reagire, ma l'aggressore lo accoltella e scappa. La vittima è il Capitano David Landis, di base a Quantico. Mentre Gibbs incontra Wilkes, che non si dà pace per aver lasciato fuggire l'assassino del suo Capitano, Tony e Bishop interrogano un testimone che sostiene di aver visto allontanarsi dalla scena un giovane mediorentale. Abby scopre delle impronte digitali: appartengono a Kaseem Nasir, 21 anni, originario dell'Afghanistan con legami con i Talebani. Nel frattempo, Tony cerca (con scarso successo) di digerire il fatto che McGee sia stato scelto come nuovo volto dell'N.C.I.S.. Riuscirà il buon Di Nozzo a sopportare l'immagine del collega stampata su tutte le brochure?