L'NCIS è chiamato a indagare insieme alla Coast Guard Investigative Service (CGIS) su un'esplosione avvenuta a bordo di una piattaforma petrolifera offshore che ha provocato la morte di un marine. Abby scopre un malware (un software creato con il solo scopo di causare danni) installato e nascosto nel computer mainframe della piattaforma. Grazie al software un hacker ha potuto manipolare i sistemi della piattaforma. Il team decide allora di interrogare la donna che ha progettato il programma Danielle Benton. Il colloquio con la donna però non aggiunge nulla di nuovo alle indagini. Gibbs e l'agente speciale Abigail Borin decidono allora di tornare alla piattaforma per trovare i resti del detonatore. Dalla collocazione del dispositivo esplosivo sul ponte della piattaforma i due agenti sono portati a credere che l'attentatore conoscesse alla perfezione la strutturale della piattaforma. In cima alla lista dei loro sospetti c'è proprio la Benton... Nel frattempo il team sta cercando di capire chi possa avere organizzato i sofisticati scherzi di Halloween in ufficio...