Booth, Brennan, Cam e Hodgins arrivano a Woodland, malfamato quartiere della città. Un albero è stato sradicato da un violento temporale e, avvolto dalle radici, è venuto alla luce uno scheletro. Brennan stabilisce che la vittima, femmina caucasica, è rimasta sepolta lì almeno due anni. L'analisi delle dentatura rivela cure molto costose. Perché mai una persona facoltosa avrebbe dovuto trovarsi da quelle parti? Mentre Booth chiama gli addetti per trasportare il corpo al laboratorio, Temperance nota molte somiglianze tra lei e la vittima: stessa altezza, stesso peso, stesso anello d'argento raffigurante un delfino. Bones comincia inevitabilmente a farsi qualche domanda, finendo a identificarsi con la vittima. Più tardi al Jeffersonian, mentre Angela cerca di rassicurarla, Hodgins, esaminando le radici, scopre che il corpo è stato sepolto circa undici mesi prima. Dall'autopsia, inoltre, risulta una frattura dell'osso temporale, sufficientemente profonda da causare la morte.