Il Becchino, famigerato criminale, ritorna alla carica: rivuole una prova che lo riguarda, sottratta all’ FBI da Hodgins, che, ossessionato dal caso, sta conducendo indagini personali all’insaputa dei colleghi. Per ricattare l’intero Jeffersonian e recuperare la prova, il Becchino rapisce Booth e lo rinchiude in una vecchia nave in fase di demolizione. Mentre l’intera squadra, con l’aiuto di Jared, è freneticamente al lavoro per salvare Booth, questi lotta per cercare una via di fuga. Sulla nave ritroverà un inaspettato compagno: Teddy Parker, o meglio, il fantasma di Teddy, un giovane caporale morto durante un’azione di guerriglia guidata dallo stesso Booth. Intanto Bones e Hodgins scoprono che il Becchino è una donna, il procuratore Taffet, incaricata del caso...