Booth viene tirato giù dal letto di Brennan. Sweets lo aspetta per una valutazione post missione Afghanistan. Quando i due arrivano all'ufficio del giovane psicologo lo trovano, praticamente nudo, in atteggiamenti inequivocabili con Daisy. Brennan rimprovera la ragazza per non essere al lavoro. Booth chiede a Sweets di firmare il suo modulo. Tempistica perfetta... Più tardi, al Jeffersonian, mentre Daisy cerca di recuperare la situazione, Angela e Cam supervisionano la consegna del relitto dell'Amelia Rose, un'antica nave trafficante schiavi recuperata dal fondo dell'oceano. Mentre la squadra comincia a lavorare per identificare i corpi degli schiavi a bordo del vascello al momento dell'affondamento, Cam nota qualcosa di strano su un teschio...