La dottoressa Brennan e l'agente Booth indagno sul ritrovamento di un cadavere nel sottosuolo cittadino, dove una comunità di persone si è stabilita e vive in condizioni non certo idilliache. La vittima, un'autrice di documentari sulla vita sotterranea, è precipitata da un pozzo, ma prima è stata colpita con un oggetto contundente. Le indagini si concentrano su un cosiddetto capo-gruppo, che sembra aver avuto contatti con la documentarista. L'uomo viene arrestato ma la pista non porta a nessuna uscita, e vengono quindi prese in esame anche le testimonianze di 2 professionisti che avevano fatto da guida alla povera sfortunata; quest'ultimi diventano i principali indiziati quando, dopo aver precedentemente negato di essere scesi nel sottosuolo, vengono immortalati durante le riprese del filmato sequestrato a casa della vittima. Esce allo scoperto un antico e misterioso tesoro, che diventa il movente dell'uccisione; si tratta di lingotti d'oro e ritratti appartenenti al secolo scorso, di inestimabile valore. La vittima voleva denunciare il ritrovamento, contro la volontà dei propri carnefici. Arrestati, il capo-gruppo viene rilasciato e prosciolto da ogni accusa, e rifiutando ogni aiuto dalla squadra per tornare ad un'esistenza migliore, ritorna alla propria vita sotterranea...