Episodio conclusivo della seconda stagione. Il corpo di una bambina con una rara malattia che induce all'invecchiamento precoce, viene ritrovata in una zona abbandonata, una sorta di palude. Le indagini dell'agente Booth si concentrano sull'assistente sociale segnalato dalla madre, reo di aver fatto il bagno alla piccola in circostanze poco chiare, uscendo dalle sue abituali mansioni; ma è chiaro agli occhi di Booth che l'uomo è innocente. Intanto il padre di Temperance torna a farsi vivo, e l'Fbi faticherà non poco per arrestarlo: l'ironia della sorte vuole che vice direttore ucciso qualche tempo prima gli avesse cancellato l'identità dal sistema, con lo scopo di farlo sparire. In questo modo, con l'identità cambiata da diversi anni, è impossibile fare un riscontro per identificarlo. Nel frattempo al Jeffersonian si lavora per cercare nuove tracce ed ecco la scintilla che permette di far luce sul caso: vicino al cadavere sono stati ritrovati piccoli molluschi deceduti in seguito ad una overdose di un medicinale usato per curare l'hiv, trasmesso dalla carne della vittima. La madre della piccola, malata di aids, diviene la principale indiziata, e dopo essere stata interrogata crolla e confessa: stava per morire e non voleva abbandonare questo Mondo prima di sua figlia. Il padre della dottoressa viene arrestato da Booth grazie ad una prova custodita da diverso tempo, e lui si lascia catturare per non abbandonare ancora una volta la figlia. Alla fine dell'episodio fervono i preparativi per il matrimonio di Jack ed Angela, dove Zack non parteciperà come testimone a causa della sua chiamata in Iraq; ancora una volta il fato fermerà però la cerimonia: Angela risulta già sposata da quattro anni.. Imbarazzati dall'evento, decidono di comunicarlo agli invitati e di partire insieme, abbandonando la chiesa.