Brennan e Booth indagano su un cadavere ritrovato durante un'esercitazione della polizia. All’inizio, il corpo sembra appartenere a un certo Jim Stegman, il padre di un inventore che si era da poco riunito a suo figlio. Ma presto, al Jeffersonian si accorgono di aver commesso un errore: la vittima, in realtà, e' un amico di Stegman, Anthony Pongetti... Nel frattempo Jared, il fratello minore di Booth, si trasferisce in città dopo aver accettato un lavoro al Pentagono; Brennan ne rimane affascinata e accetta di accompagnarlo a una serata di gala, durante la quale scopre dei nuovi dettagli sul passato del suo partner... Un’auto sui binari ha provocato il deragliamento di un treno: sembra trattarsi di un comune incidente, ma purtroppo nel disastro muore un senatore. Quando le indagini diventano più attente e capillari, si scopre che tutto è stato inscenato per perpetrare una truffa in borsa per milioni di dollari…