Gli spettatori sono riportati indietro nel tempo. Brennan e Booth raccontano a Sweets il primo caso a cui hanno lavorato insieme. Una ragazza era stata uccisa e i suoi resti abbandonati in una discarica di New York. Le indagini dell’FBI non riescono a dimostrare che il sospettato, un importante giudice federale, è l’omicida. Così Camille propone a Booth di chiedere l’aiuto agli scienziati del Jeffersonian. Dopo varie ipotesi riescono a ricostruire la storia e ad incastrare il giudice Hasty. Il fatto che Booth e Bones si siano baciati all’inizio della loro collaborazione distrugge tutte le teorie che Sweets aveva formulato nel suo libro.