Episodio conclusivo della terza stagione. Booth giace morto mentre Brennan cerca di raggiungerlo. L'immagine scompare e ritroviamo Temperance al laboratorio, al lavoro su uno scheletro. Gli altri membri della squadra, tutti vestiti di nero, entrano: è tempo di andare, il funerale di Sealy sta per cominciare. Brennan afferma che non ha nessuna intenzione di parteciparvi, non vede la necessità di vedere una cassa calata in un buco nella terra. Angela la prende in disparte e le dice che ha bisogno di averla al suo fianco in questo momento così difficile. Brennan capitola e li accompagna. All'Arlington National Cemetery ha inizio la cerimonia. Brennan è evidentemente a disagio, sa che la pallottola che ha ucciso Booth era per lei. Mentre il drappello d'onore fa il suo arrivo, un uomo misterioso guarda da lontano. Poi, lentamente, si avvicina per porre una rosa bianca sulla bara. Improvvisamente una guardia del drappello lo placca a terra. La guardia è Booth! I due uomini lottano tra lo sconcerto generale, l'uomo misterioso cerca di estrarre una pistola, ma Brennan interviene colpendolo alla testa e lasciandolo a terra privo di sensi. Booth si avvicina alla collega per ringraziarla. Brennan, furiosa, lo colpisce con un pugno in piena faccia, gira sui tacchi e se ne va. Successivamente al laboratorio Booth cerca di spiegarle perché l'FBI ha deciso di inscenare la sua morte. Era l'unico modo per arrivare al misterioso uomo. Ma Temperance è troppo infuriata per starlo a sentire. Booth si dimostra molto dispiaciuto, aveva detto ai suoi colleghi di avvisarla, pensava lei fosse al corrente. Sweets puntualizza che tutta l'ira di Brennan deriva dal fatto che il funerale di Booth l'ha messa nuovamente di fronte a sentimenti e situazioni che non ama mostrare o affrontare. Brennan si sente solo manipolata, ma la discussione viene interrotta da Zack che consegna all'antropologa un pacco. Dentro c'è una mascella con due viti d'argento conficcate. Il macabro regalo lascia pochi dubbi: Gormogon ha colpito ancora...