Zack e Brennan stanno esaminando una gabbia toracica, mentre Hodgins si distrae guardando alcune foto della vacanza nel deserto fatta da Angela. L'uomo si sofferma su un'immagine che ritrae la collega in romantico atteggiamento con un uomo. Brennan gli spiega che si tratta di Kirk Persinger, il "fidanzato" di Angela in carica per tre settimane all'anno. All'improvviso Angela compare sullo schermo del pc e chiede a Brennan di parlarle in privato. Una volta nel suo ufficio, Temperance ascolta quello che Angela ha da dirle. Lo sceriffo locale ha ricevuto una scatola con all'interno un teschio umano. Siccome Kirk, partito cinque giorni prima per un tour fotografico nel deserto non è ancora tornato, Angela teme possa trattarsi proprio del suo teschio. Contro il volere di Goodman Temperance fa armi e bagagli e raggiunge Angela per indagare...