E' tempo di feste e Angela cerca di convincere una reluttante Temperance ad andare al party organizzato dal Jeffersonian. Arriva giusto in tempo Booth a salvarla con un nuovo caso: uno scheletro rinvenuto in un rifugio antiatomico degli anni Cinquanta. Il corpo ha una pistola in mano e un buco in testa. Temperance accetta il caso, mentre Angela trascina Booth alla festa. Nel mentre, Zack e Hodgins stanno lavorando in laboratorio. All'improvviso suona l'allarme. I due corrono alle docce di contaminazione. Ma è tardi, hanno rilasciato un fungo molto pericoloso che può anche provocare la morte. L'istituto viene sigillato. Tutti coloro che si trovano all'interno vengono posti in quarantena.