Temperance sta tenendo una lezione a un gruppo di studenti quando Booth irrompe con un nuovo caso. Un bambino di sei anni, Charlie Sanders, è scomparso nei pressi di un grande magazzino. Qualcuno sostiene di aver visto resti umani in un campo lì vicino. Booth ha bisogno dell'aiuto di Brennan per determinare se quei resti appartengano o meno al ragazzino scomparso. Recuperato il corpo e tornata al laboratorio, Temperance determina che si tratta effettivamente di un bambino tra i 6 e i 10 anni. Zack verifica che la morte è avvenuta in seguito a un forte trauma. Hodgins certifica che il decesso è avvenuto 36/48 ore prima. Vicino al corpo sono stati rinvenuti i vestiti della vittima. Gli abiti sono intatti. Brennan opta subito per un reato a sfondo sessuale. Convinta del risultato delle sue analisi contatto Booth e conferma che la vittima è Charlie Sanders e che, con ogni probabilità, hanno a che fare con un pedofilo.