Rory chiama Lorelai da Roma e, dopo essersi scusata, le chiede di consegnare una lettera a Dean. Lorelai accetta. Ma caso vuole che Lindsay legga la lettera prima del marito e, furiosa, in seguito a una plateale scenata, lo sbatta fuori di casa. La faccenda degenera ulteriormente quando la madre della ragazza affronta pubblicamente Lorelai inveendo contro Rory. Questa, intanto, fa il suo ritorno con Emily. La ragazza rimane molto male quando viene a sapere delle conseguenze che la sua storia con Dean hanno avuto sul matrimonio del ragazzo. Intanto Luke decide che è giunto il momento di fare ritorno e Lane capisce di provare qualcosa di più di una semplice amicizia per Zack.