Una delle gemelle è stata vista a Grand Central due giorni prima dell'attentato. Simone e Alex riescono a rintracciarne una e ottengono qualche spiegazione (vera???): le due si sono infiltrate in un gruppo terroristico e stanno cercando di scoprire quale sia il prossimo obiettivo. A Quantico le reclute affrontano un nuovo test quando vengono chiuse in una classe con una bomba. Nel presente Natalie comincia a sospettare che Ryan stia aiutando Alex e lo fa pedinare. La mossa porta i suoi frutti e l'F.B.I. accerchia Alex, ma il raid finisce anche per mettere a rischio la missione delle gemelle. Per non parlare di Ryan, che si becca una pallottola...