Tempo presente. Miranda dice a Ryan e Nimah che Alex non si è presentata al lavoro. I due la rintracciano in Vermont, dove la giovane si è recata per incontrare Simon, in profonda crisi dopo quanto accaduto. Nonostante l'aiuto di Alex, rimangono dei dubbi sul futuro del ragazzo: tornerà quello di prima? Torniamo ai tempi dell'addestramento a Quantico. Nel corso di una lezione, esplode la rivalità tra Liam e Drew, con conseguenze sconcertanti. Nel frattempo, Nimah scopre che Raina, su richiesta di Miranda, si è incontrata con i rapitori di Charlie. Will, invece, scopre come Caleb riesce a contattare Samar. Alex, infine, ottiene informazioni da Liam sul caso di Chicago.