Nel presente, Alex viene convocata per un'udienza al Congresso per deporre come testimone in merito agli attacchi terroristici. Certa che Elias non abbia agito da solo, la giovane è determinata a scoprire la verità. Una telefonata anonima le confermerà i suoi sospetti. Nel frattempo, in un flashback a Quantico, un gruppo di nuove reclute si unisce ad Alex e ai suoi compagni, dando il via a un'accesa competizione tra le due "fazioni". Intanto, Shelby ed Elias ricevono la visita del marito della falsa sorella di Shelby.