In questo episodio Daniel è alle prese con una cospirazione che coinvolge la CIA. Ma è davvero così? Tutto ha inizio quando un uomo, che si fa chiamare Cobra (Rick Otto), rivela a un amico e collega di Daniel la sua vera identità: è un agente della CIA operativo su suolo americano il cui compito è assassinare civili che potrebbero compromettere la sicurezza nazionale. La situazione si complica quando il professore viene trovato morto. Tra CIA e FBI cresce la tensione. Cobra ha detto la verità? Chi ha ucciso il professore? Nel frattempo, Kate ammette con Donnie di trovare molto difficile riporre nuovamente fiducia in lui. Donnie l'ha tradita e lei teme possa accadere ancora. Kate arriva addirittura a chiedere i particolari della scappatella dell'ex e, non contenta, si incontra con la ragazza con la quale Donnie è stato. Ci sarà un futuro per la loro relazione?