Pierce e Moretti si trovano a indagare su un caso davvero particolare. Una donna, moglie di uno scrittore di fantascienza, infatti, afferma che suo marito non è più suo marito: è stato rapito dagli alieni e sostituito! Quando i due si recano sul posto, però, fanno una scoperta a dir poco allarmante. Nel frattempo, i rapporti tra Pierce e la sua fidanzata "reale" Caroline si fanno più intimi, ma la loro relazione difficilmente potrà avere un futuro se Pierce non riuscirà a dimenticare la sua fidanzata immaginaria, Natalie. Ci sono sviluppi anche tra Donnie e Kate: lui le confessa di essere arrivato in città per cercare di tornare insieme a lei...